Bazele depozitului de arheologie au fost puse de Niţă Angelescu (primul director al muzeului între 1958 şi 1975) împreună cu avocatul Vasile Culică şi, din 1960, muzeograful-arheolog Apostol Atanasiu.
Primele piese care au incluse în depozitul Muzeului Călăraşi, au fost descoperite la Păcuiul lui Soare, Rasa, Bogata, Cuza-Vodă, Călăraşi. Ulterior s-au adăugat piese arheologice provenite de la Cuneşti, Grădiştea Ulmilor Boian, Gura Borcei, Grădiştea Călăraşi, Independenţa, Potcoava, Dorobanţu ş.a.
Numeroşi foşti sau actuali arheologi şi-au adus aportul la îmbogăţirea patrimoniului muzeal în deceniile 7- 9 ale secolului trecut. Dintre aceştia îî amintim pe Marian Neagu - pentru neolitic şi eneolitic, Niculae Conovici -pentru perioada La Tene (geto-daci şi importurile elenistice), Crişan Muşeţeanu-pentru sec. IV (Sântana de Mureş-Cerneahov) şi pentru epoca romană (împreună cu Dan Elefterescu), Tudor Papasima - pentru epocile bizantină şi prefeudală, Petre Vlădilă - pentru perioada feudală. Mai târziu şi-au adus aportul arheologi precum: Valeriu Cavruc (epoca bronzului), Eugen Paveleţ, Parnic Valentin şi Lazăr Cătălin pentru perioada neo-eneolitică.
Depozitul central de arheologie din cadrul MDJ Călăraşi cuprinde colecţii bazate pe ceramică din toate epocile prezente pe teritoriul jud. Călăraşi, mai importante fiind cele de preistorie (neolitic-eneolitic), epoca bronzului (cultura Coslogeni), perioada La Tene-ului getic, sec. IV, epoca bizantină (în majoritate piesele sunt de la Păcuiul lui Soare).
În prezent în depozit sunt în jur de 10500 de obiecte, descoperite pe teritoriul jud. Călăraşi, responsabil de acest depozit fiind Vasile Oprea – custode general.