Muzeul călărăşean a fost înfiinţat în anul 1951, având profilul arheologie. Dezvoltarea muzeului s-a datora unui grup de intelectuali călărăşeni entuziaşti (Niţă Angelescu - primul director Al muzeului, Vasile Culică, Iatan Constantin, Gheorghe Florea ş.a.).
Datorită activităţii acestor inimoşi au descoperite numeroase situri arheologice şi monumente istorice, iar creşterea patrimoniului a determinat autorităţile vremii să schimbe în mai multe rânduri localul în care funcţiona muzeul.
Prin Legea de organizare administrativ - teritorială din 1968, era reînfiinţat judeţul Ialomiţa cu reşedinţa la Slobozia. In acest fel, la Călăraşi rămânea să funcţioneze în continuare Secţia Arheologie, a Muzeului Judeţean Ialomiţa.
Printre cei care şi-au desfăşurat activitatea în cadrul secţiei se numără Apostol Atanasiu, Niculae Conovici, Crişan Muşeţeanu, Radu Lungu, Tudor Papasima, Pavel Suşară, Paul Damian, Traian Popa, Dan Elefterescu, Marian Neagu ş.a.
În anul 1981, Secţia Arheologie se transformă în Muzeul Judeţean Călăraşi, pentru ca în anul 1990 acesta din urmă să devină Muzeul Dunării de Jos.
În anul 2003, determinaţi de schimbările economice care aveau loc în judeţul Călăraşi Muzeul Dunării de Jos reînfiinţează Secţia Arheologie sub titulatura de Serviciu. În cadrul acesteia îşi desfăşoară activitatea 4 arheologi, doi muzeografi, 2 conservatori şi un restaurator şi personal auxiliar.
Activitatea secţiei se axează în principal pe cercetarea arheologică sistematică, de salvare şi de teren, supravegherea arheologică, organizarea de manifestări cu specific arheologic (expoziţii, simpozioane, comunicări etc).
Activitatea de cercetare desfăşurată de specialiştii Muzeului Dunării de Jos se concretizează într-un patrimoniu arheologic bogat, conţinând peste 40. 000 piese.
Activitatea de cercetare arheologică s-a desfăşurat de-a lungul timpului pe mai multe şantiere: Grădiştea Coslogeni, Gălăţui – Movila Berzei, Piscu Crăsani, Durostorum, Păcuiul lui Soare, Ulmu, Rasa, Cuneşti, Lunca, Căscioarele, Măriuţa – La movilă, Sultana – Malu Roşu, Cuneşti ş.a.
Colectivului de arheologi ai muzeului călărăşean i s-au alăturat de multe ori, specialişti de la Muzeul Naţional de Istorie a României, Institutul de Arheologie Vasile Pârvan Bucureşti, Muzeul Brăilei, Muzeul de Istorie Naţională şi Arheologie Constanţa, Muzeul Judeţean Galaţi.
Cercetarea de teren a avut atât rolul de a verifica starea de conservare şi a preveni acţiunile de orice fel care ar putea afecta unele situri arheologice deja cunoscute, cât şi identificarea de noi staţiuni arheologice.
Supravegherea arheologică
Încă de la înfiinţarea sa, Serviciul Arheologie a participat activ la supravegherea arheologică a zonelor cu potenţial arheologic unde au avut loc lucrări de construire, modificare, extindere sau reparare privind căi de comunicaţie, dotări -edilitare, construcţia de reţele magistrale, amenajări pentru îmbunătăţiri funciare, reţele de telecomunicaţii, precum şi alte lucrări care afectează suprafaţa solului, indiferent dacă se execută în intravilanul sau extravilanul localităţilor şi indiferent de forma de proprietate a terenului.
Astfel, au fost încheiate şi executate contracte de supraveghere arheologică cu societăţi precum Romtelecom, Electrica, Distrigaz Sud, Autostrada Soarelui Bucureşti – Constanţa, pentru tronsoanele Izlaz – Fundulea; Fundulea – Lehliu; Lehliu – Drajna; Drajna – Ştefan cel Mare, pe teritoriul judeţului Călăraşi.